O poreklu imena Beške postoji nekoliko različitih tumačenja. Do danas nije tačno utvrđeno odakle ono potiče i šta znači.
Uglavnom su se sve te teorije bazirale na pretpostavci da je reč „beška“ turskog porekla i da označava ili kolevku (bešiku), ili bešiku ribe, ili pak da je kovanica dve turske reči: beş i kaya, što znači pet i kamen, odnosno peti kamen, tj. peta stanica ili odredište u vojnoj ili nekoj drugoj terminologiji.
Međutim, sve te teorije o turskom poreklu imena Beške gube na smislu činjenicom da je taj toponim postojao i pre dolaska Turaka u ove krajeve. Ime Beška nose ostrvo i manastir na Skadarskom jezeru koji potiču iz XIV veka. Manastir je zadužbina despotice Jelene, kćerke kneza Lazara, što je zapisano na ktitorskom natpisu iz 1438. godine.
Prema tumačenju istaknutog istoričara-turkologa Olge Zirojević, „beška” je verovatno stara slovenska reč koja je postepeno u savremenom govoru izgubila prvobitno značenje.
Ime „Beška” se u većini slučajeva javlja kao hidronim, odnosno vezano je za blizinu vode, pa se pretpostavlja da je ta reč imala veze sa zdravljem, odnosno da je tim imenom označavano mesto koje je bilo zdravo za život ili gde je bio izvor zdrave vode.
Na osnovu navedenog, jasno je da je Beška srednjovekovno mesto, nastalo u vreme naseljavanja Slovena u ove krajeve. Kada je to tačno bilo, teško je utvrditi. Prvi podaci o mestu Beška datiraju iz 1546. godine, kada je ona bila, kao i sva ostala sremska mesta, u sastavu Otomanskog carstva.
Sve do 1960. godine Beška je imala status opštinskog mesta. Zatim je dve godine bila u sremskokarlovačkoj opštini, da bi od 1. januara 1962. godine ušla u sastav opštine Inđija.